Met de 5-1 overwinning uit de heenwedstrijd stonden de Buffalo's al met anderhalf been in de derde voorronde van de UEFA Conference League. Vanhaezebrouck wijzigde zijn elftal op heel wat plaatsen, waardoor Kandouss, Gerkens en Tissoudali aan de aftrap verschenen. Op het kunstgrasveld in Zilina kwam het eerste doelgevaar van de thuisploeg, maar Nardi echt verontrusten lukte niet. Tissoudali tekende voor de eerste echt grote kans, maar Belko redde met de voeten. Ook Nardi was bij de pinken om Sauer van het openingsdoelpunt te houden.
De thuisploeg koos steevast voor combinatievoetbal, maar door goed stoorwerk kon Gent daarvan profiteren en toen Tissoudali Hjulsager in stelling bracht, joeg hij de bal tegen de netten (0-1). Zilina bood meer weerwerk dan in de heenwedstrijd, want Duris mikte rakelings naast en op slag van rust was er een knappe reflex nodig van Nardi op een knal van Bari.
De tweede helft begon met de doelmannen in een hoofdrol. Belko hield Tissoudali van een treffer, zweefde een pegel van Hjulsager nog uit de hoek en keerde een kopbal van Watanabe op de lijn. Ook Nardi deed zijn duit in het zakje met een sterke beenveeg. Cuypers was nog maar net ingevallen, toen ook hij Belko onder vuur nam. Die kon nog afweren, maar in de herneming trof Cuypers alsnog raak (0-2).
Dat was slechts de start van een dol kwartier waarin Kapralik de aansluitingstreffer ondhoubaar voorbij Nardi knalde (1-2). Tissoudali reageerde aan de overkant met een geweldige plaatsbal in de rechterbovenhoek (1-3). Twee minuten later besliste Gerkens de wedstrijd helemaal met een intikker op voorzet van Fofana (1-4). Het scorebord deed overuren, want een kwartier voor tijd vrolijkte Bari de thuissupporters op met een afstandsschot in de verste hoek (2-4).
Tissoudali kwam nog dicht bij een tweede treffer, maar opnieuw lag Belko in de weg. Het was uiteindelijk Cuypers die nog een tweede doelpunt lukte, op aangeven van Kums mikte hij de bal afgemeten in de rechterhoek (2-5). Gent bleek met een samengetelde score van 10-3 over twee wedstrijden een maatje te groot voor Zilina en plaatste zich vlot voor de derde voorronde.