Voor zijn Europa League wedstrijd week Shkëndija uit naar de Macedonische hoofdstand Skopje, waar de Philip II Arena aardig vol liep met zo'n 27.000 fanatieke supporters. Nana Asare keerde na zijn operatie voor het eerst terug in de selectie, maar begon wel op de bank. Voorin kreeg Coulibaly de voorkeur, geflankeerd door Milicevic en Simon.
Het beeld van de eerste helft bleek al snel gelijk te lopen met dat van de heenwedstrijd. Shkëndija concentreerde zich vooral op een goede organisatie achterin, Gent eiste het balbezit op. De eerste grote kans was voor Mitrovic met een kopbal die in hoekschop werd gedevieerd. Ook een afstandsschot van Kums week af op een verdediger en vloog zo over. Milicevic opende bijna de score met een magistrale vrije trap, maar Zahov haalde die met een prachtige redding nog uit de linkerhoek.
De thuisploeg haalde niet het niveau van zijn enthousiaste supporters, pas na een half uur kregen ze een bal tussen de palen, maar Rinne keerde het schot van Ibraimi. Coulibaly reageerde snel door Simon knap aan te spelen in de zestien, maar Zahov keerde de uithaal van de Nigeriaan nog. Gent kon zijn dominantie voor rust niet omzetten in een voorsprong, want Saief kopte de laatste mogelijkheid nipt over na een knappe voorzet van Milicevic.
In het eerste kwartier na rust bood de thuisploeg wat meer weerwerk, maar echt bedreigd werd de Gentse verdediging niet, waar Asare de plaats van Nielsen had ingenomen. Toen Saief de ruimte vond op de linkerflank zwiepte hij een haarfijne voorzet voor doel, waar Coulibaly vrijstaand binnen kopte (0-1). Het sein voor een belegering door Gent. Simon werd alleen voor doel gezet, maar schoof de bal nog rakelings naast. Even later dook hij opnieuw voor Zahov op, nadat hij zijn mannetje de bal afsnoepte, Coulibaly was goed mee gevolgd en tikte voorbij Zahov in doel (0-2).
De veer was nu helemaal gebroken bij de thuisploeg en de Buffalo's stoomden vrolijk door. Saief kapte zich vrij en schoot naar de linkerhoek, maar Zahov redde. Simon demonstreerde zijn klasse met een magistrale dribbel door de defensie, maar opnieuw werd hij gestuit door Zahov. Twee minuten later moest de doelman zich toch weer gewonnen geven toen de ingevallen Perbet hem vloerde met een fraaie volley (0-3). Perbet kreeg een mooie kans om nog eens te scoren, maar mikte van dichtbij over.
De thuisploeg moest de kelk nog tot op de bodem ledigen, want Neto plaatste het orgelpunt op een sterke Gentse prestatie. Met een heerlijke afstandsknal gaf hij Zahov het nakijken (0-4). Het merendeel van de thuissupporters had toen het stadion al verlaten, zich neerleggend bij de Gentse kwalificatie. De 2-1 thuiszege en 0-4 uitzege waren voor Gent meer dan genoeg om de kwalificatie voor de groepsfase van de UEFA Europa League af te dwingen. Shkëndija overleefde drie voorrondes en mocht met opgeheven hoofd het strijdtoneel verlaten, nadat het tegen Gent op zijn limieten botste.